Thập niên 1980 là một giai đoạn với đầy những biến động ngoài sân cỏ của Bayern, với nhiều thay đổi về nhân sự và những vấn đề tài chính. Trên sân, Paul Breitner và Karl-Heinz Rummenigge, hợp lại là FC Breitnigge, đưa đội bóng tới chức vô địch Bundesliga 1980 và 1981. Họ còn vô địch DFB-Pokal vào năm 1982, 2 mùa giải sau đó là những mùa giải không thành công sau khi Breitner giải nghệ và huấn luyện viên Udo Lattek trở lại. Bayern vô địch cúp quốc gia năm 1984, sau đó vô địch giải vô địch quốc gia năm lần liên tiếp, bao gồm một cú ăn đôi năm 1986. Tuy nhiên, thành công trên cấp độ châu lục lại không đến với họ; Bayern không giành được bất cứ danh hiệu châu lục nào, chỉ có thể giành ngôi á quân tại cúp C1 châu Âu vào các năm 1982 và 1987.

Jupp Heynckes được bổ nhiệm làm huấn luyện viên năm 1987, nhưng sau hai lần vô địch quốc gia liên tiếp vào các năm 1989 và 1990, phong độ của Bayern sa sút. Sau khi về nhì ở mùa giải 1990-91, đội bóng về đích chỉ với 5 điểm nhiều hơn nhóm xuống hạng vào mùa giải 1991-92. Vào mùa giải 1992-93, Bayern Munich bị loại ngay ở vòng hai cúp UEFA trước đội bóng Anh, Norwich City F.C., đội bóng Anh duy nhất đánh bại họ ở sân vận động Olympic. Thành công trở lại sau khi Franz Beckenbauer trở lại là huấn luyện viên vào giai đoạn hai của mùa giải 1993-94, đội giành ngôi vô địch quốc gia sau 4 năm trắng tay. Beckenbauer sau đó được bổ nhiệm làm chủ tịch câu lạc bộ.

Các huấn luyện viên tiếp theo, Giovanni Trapattoni và Otto Rehhagel đều không mang lại danh hiệu gì cho đội bóng và thành tích của đội không giống như những gì được mong đợi. Trong quãng thời gian này cầu thủ Bayern thường xuất hiện ở các trang báo tạp chí về những chuyện ở ngoài đời tư hơn là những vấn đề liên quan đến sân cỏ, và họ được đặt tên là FC Hollywood. Franz Beckenbauer trở lại vào mùa giải 1995-96 với tư cách là huấn luyện viên tạm quyền và đưa đội bóng đến chức vô địch cúp UEFA vào mùa giải 1995-96, đánh bại Girondins de Bordeaux ở trận chung kết. Ở mùa giải 1996-97 Giovanni Trapattoni trở lại và giành chức vô địch quốc gia. Nhưng ở mùa giải sau đó họ lại để mất chức vô địch vào tay đội bóng mới lên hạng 1. FC Kaiserslautern, Trapattoni lần thứ hai rời đội bóng.

Tìm lại được những thành công trên trường quốc tế (1998-nay)

Khánh thành năm 2005: Sân Allianz Arena, một trong những sân vận động hiện đại nhất thế giới.

Từ năm 1998 đến 2004 Bayern được dẫn dắt bởi Ottmar Hitzfeld. Trong mùa giải đầu tiên của Hitzfeld, Bayern vô địch Bundesliga và chút nữa vô địch cúp C1, thua 2-1 vào những phút bù giờ trong trận chung kết gặp Manchester United sau khi dẫn trước hầu hết trận. Mùa giải 1999-2000 đội tiếp tục thành công với cú ăn đôi vô địch quốc gia và cúp quốc gia. 

  

Chức vô địch Bundesliga thứ 3 liên tiếp đến vào năm 2001, họ vô địch tại vòng đấu cuối cùng của mùa giải. Vài ngày sau, Bayern vô địch cúp C1 lần thứ 4 sau 25 năm, đánh bạiValencia CF trên chấm luân lưu. Mùa giải 2001-02 bắt đầu với danh hiệu vô địch Cúp Liên lục địa, nhưng kết thúc mùa giải với không một danh hiệu nào nữa. Một mùa giải sau, họ có cú ăn đôi lần thứ 4, vô địch giải đấu với số điểm bỏ cách đội đứng thứ nhì kỉ lục. Triều đại của Hitzfeld kết thúc vào năm 2004, với phong độ đi xuống của Bayern, bao gồm một trận thua trước đội bóng chơi ở giải hạng hai Alemannia Aachen.

 
Bayern trở lại làm vua của Châu Âu.

Felix Magath lên thay thế và đưa Bayern tới hai cú ăn đôi liên tiếp. Trước mùa giải 2005-06, Bayern chuyển từ sân Olympic tới sân vận động Allianz Arena, sân đấu mà câu lạc bộ chia sẻ cùng TSV 1860 München. Trên sân mới này màn trình diễn của họ ở mùa giải 2006-07 trở nên thất thường. Thi đấu không tốt ở giải vô địch quốc gia và lại thua Alemannia Aachen ở cúp quốc gia, huấn luyện viên Magath bị sa thải một thời gian ngắn sau kì nghỉ đông.

Cựu huấn luyện viên Ottmar Hitzfeld trở lại Munich vào tháng 1 năm 2007, nhưng Bayern chỉ về đích ở vị trí thứ 4 ở mùa giải 2006-07, và không được dự Cúp C1 lần đầu sau hơn một thập kỉ. Việc không vô địch Cúp quốc gia và Cúp liên đoàn khiến họ có một mùa giải trắng tay. Ở mùa giải 2007-08, Bayern Munich có những sự thay đổi lớn về đội hình để xây dựng lại. Họ mua về 8 cầu thủ mới và bán, sa thải hoặc cho mượn 9 cầu thủ khác. Các danh thủ về với đội bao gồm Hamit Altintop từ Schalke 04, Luca Toni từ ACF Fiorentina, Miroslav Klose từ Werder Bremen, và bản hợp đồng kỉ lục Franck Ribéry từ Olympique Marseille. Những bản hợp đồng mới đã có hiệu quả, và Bayern vô địch DFB-Pokal 2008 vàBundesliga, đứng đầu bảng trong mọi vòng đấu của mùa giải. 

Vào ngày 11 tháng 1 năm 2008 Jürgen Klinsmann được chọn làm người kế nhiệm Hitzfeld, nắm quyền ở đội bóng từ ngày 1 tháng 7 năm 2008. Ông kí hợp đồng 2 năm với đội bóng. Trong giai đoạn lượt đi của Bundesliga 2008-09, Bayern có một sự khởi đầu phập phù, chỉ thắng 2 trận cho tới vòng đấu thứ 6, nhưng về sau bắt đầu tăng tốc. Bayer Leverkusen loại Bayern ở tứ kết DFB-Pokal. Ở cúp C1 Bayern cũng vào tới tứ kết. Họ bị FC Barcelona loại sau khi đứng đầu bảng F và đánh bại Sporting Clube de Portugal ở vòng loại trực tiếp với tổng tỉ số kỉ lục là 12-1. Vào ngày 27 tháng 4, hai ngày sau trận thua Schalke trên sân nhà khiến Bayern bị tụt xuống vị trí thứ 3, Klinsmann bị sa thải. Đây là hệ quả của những kết quả đáng thất vọng như trận thua với tổng tỉ số 5-1 trước Barcelona ở cúp C1, và trận thua 5-1 trướcVfL Wolfsburg. Cựu huấn luyện viên Jupp Heynckes được bổ nhiệm làm người thay thế cho tới cuối mùa giải. Bayern cuối cùng về đích ở vị trí thứ nhì, và được vào thẳng vòng bảng cúp C1 2009-10.

Bayern sau đó kí hợp đồng với huấn luyện viên Louis Van Gaal ở mùa giải 2009-10 từ AZ Alkmaar. Trong khi vẫn đang bị hoài nghi về những trận đấu với kết quả nghèo nàn, Van Gaal dẫn dắt Bayern vào tới vòng 1/16 cúp C1 bằng chiến thắng 4-1 trước Juventus ở Turin. Họ gặp Fiorentina ở vòng 1/16. Vào ngày 9 tháng 3, họ thua 3-2 trước câu lạc bộ này nhưng vẫn vào tứ kết nhờ luật bàn thắng sân khách. Ở tứ kết họ gặp Manchester United, Bayern cũng giành được kết quả tương tự như trận gặp Fiorentina, họ hoà ManU với tổng tỉ số 4-4 và vào bán kết Cúp C1 nhờ luật bàn thắng sân khách, sau khi thắng 2-1 ở lượt đi và thua 3-2 ở lượt về. Vào ngày 27 tháng 4 năm 2010, Bayern đánh bại Olympique Lyonnais 3-0 sau khi thắng 1-0 ở trận lượt đi. Kết quả đó đưa Bayern tới trận chung kết Cúp C1 2009-10. Vào ngày 8 tháng 5 năm 2010, Bayern vô địch Bundesliga 2009-10 sau khi thắng 3-1 trước Hertha BSC Berlin.

Sân Vận Động

Khi mới thành lập, Bayern tập luyện tại Schyrenplatz nằm ở trung tâm thành phố Munich. Các trận đấu chính thức đầu tiên của đội được tổ chức tạiTheresienwiese. Từ năm 1901, Bayern chuyển tới sân riêng của mình, nằm ở phố Clemensstraße trong khu Schwabing. Sau khi gia nhập Münchner Sport-Club (MSC) vào năm 1906, Bayern chuyển về thi đấu từ tháng 5 năm 1907 tại khuôn viên của MSC nằm trên phố Leopoldstraße. Kể từ đầu những năm 1920 khi lượng khán giả sân nhà của đội tăng lên, Bayern chuyển địa điểm thi đấu tại nhiều nơi trong Munich.

Từ năm 1925, Bayern chung sân Grünwalder Stadion với câu lạc bộ 1860 Munich. Cho đến thế chiến thứ hai, sân vận động thuộc quyền sở hữu của 1860 Munich, và thường được gọi là Sechz'ger (có nghĩa là "60"). Sân bị phá hủy trong chiến tranh, và các nỗ lực phục hồi lại nó khiến nó sau đó rất chắp vá. Kỷ lục về số khán giả trong một trận đấu của Bayern tại sân Grünwalder Stadion là 50.000 người trong trận gặp 1. FC Nuremberg ở mùa giải 1961–62.  KhiBundesliga được thành lập, sức chứa tối đá của sân là 44.000 chỗ. Sức chứa hiện tại của sân là 21.272 chỗ, được các đội hình hai của cả Bayern và 1860 Munich sử dụng.

Để tổ chức Thế vận hội mùa hè 1972, thành phố Munich cho xây dựng Sân Olympic. Sân vận động được khánh thành vào vòng đấu cuối cùng của Bundesliga 1971–72. 79.000 khán giả trật kín sân theo dõi trận đấu. Sân Olympic, trong những năm đầu, được coi là một trong những sân hiện đại nhất thế giới, và được chọn tổ chức nhiều trận chung kết lớn, như trận chung kết World Cup 1974. Những năm sau đó sân vận động có nhiều thay đổi, như tăng tỉ lệ số chỗ ngồi từ khoảng 50% lên xấp xỉ 66%. Sân có sức chứa 63.000 chỗ cho các trận đấu cấp quốc gia, và 59.000 cho các trận đấu quốc tế. Nhưng với nhiều người có than phiền rằng sân quá lạnh vào mùa đông, vì chỉ có hơn nửa số chỗ nằm trong khu vực có mái che. Những phàn nàn khác rằng khoảng cách giữa khán giả và sân đấu quá xa, vì ngăn giữa khán đài và sân là đường đua điền kinh. Những mong muốn sửa đổi sân vận động đều không thể vì kiến trúc sư Günther Behnisch hầu như luôn dùng quyền phủ quyết.

Sau nhiều thảo luận, cuối cùng thành phố Munich, bang Bavaria, Bayern Munchen, và TSV 1860 cùng đồng ý vào cuối năm 2000 là sẽ xây dựng một sân vận động mới. Việc Đức giành được quyền đăng cai World Cup 2006 đẩy nhanh mọi việc vì sân Olympic không còn đủ các tiêu chuẩn của FIFA được tổ chức một trận đấu trong khuôn khổ World Cup nữa. Sân Allianz Arena được xây dựng tại phía Bắc thành phố và đưa vào sử dụng từ đầu mùa giải 2005–06.

Ngoài ra, Soi Kèo còn có mã SK của các giải Vô Địch Quốc Gia khác như sau :  SK  ITA gửi 8700 ( SERI A)  SK  DUA gửi 8700 ( VĐQG Đức)  SK  ITB gửi 8700 ( SERI B)  SK  TBNC gửi 8700 ( Cúp Nhà Vua Tây Ban Nha)  SK  ANH2 gửi 8700 ( Hạng 2 Anh)  SK  BDN gửi 8700 ( VĐQG Bồ Đào Nha)  SK  NHAT  gửi 8700 ( VĐQG Nhật Bản)  SK  BRA gửi 8700 ( VĐQG Brazil)  SK  BI  gửi 8700 ( VĐQG Bỉ)  SK  ARG gửi 8700 ( VĐQG Argentina)  SK  FIN gửi 8700 ( VĐQG Phần Lan)  SK  BQ   gửi 8700 ( Bí quyết giúp bạn lựa chọn kèo, đọc trận đấu hay và chính xác nhất)   ...v...v... ( Nhắn tin sau 15h mỗi ngày)