Điểm yếu dễ nhận thấy nhất của Bayern nằm ở chiều sâu đội hình. Nếu nhìn vào đội hình chính của Bayern, có thể thấy Heynckes đang sở hữu một dàn cầu thủ không thua kém bất kỳ đội bóng nào tại châu Âu. Tuy nhiên, khoảng cách giữa những người đá chính và dự bị mới chính là vấn đề khiến Heynckes phải đau đầu. 

Ở hàng thủ, Rafinha chưa tạo dựng được niềm tin bên hành lang phải khi thay thế J.Boateng. Hay khi J.Boateng được đưa vào giữa đá trung vệ thì sự chắc chắn cũng không được duy trì như khi Badstuber và Van Buyten có mặt trên sân. Ở hàng công, Petersen chưa thể chứng tỏ rằng anh có khả năng thay thế Gomez khi cần.

Nhưng vấn đề lớn nhất nằm ở tuyến giữa. Ngoại trừ Schweinsteiger và Kroos đã tạo dựng được niềm tin ở trung tâm hàng tiền vệ thì Luiz Gustavo hay Tymoshchuk lại chỉ được xem là giải pháp bất đắc dĩ. Khó khăn với Bayern được thể hiện rõ trong thời gian Schweinsteiger dính chấn thương (cuối lượt đi). Sự vắng mặt của tiền vệ đội phó này khiến Bayern lao đao, và dù vẫn giành được những điểm số cần thiết nhưng rất ít trận, Bayern thể hiện được sự thuyết phục trong lối chơi. Điều đó khiến BLĐ Hùm xám đứng trước quyết định khó khăn: Liệu có nên chi tiền để tăng cường lực lượng trong kỳ CNMĐ này hay không?

Ngoài vấn đề về nhân sự thì Bayern cũng phải sớm đưa ra các giải pháp để giải quyết những rắc rối xung quanh tiền vệ Robben. Không khó để thấy rằng, tiền vệ người Hà Lan đang bị cô lập tại Munich. Chính điều đó khiến cho anh không thể thích nghi với lối chơi của toàn đội sau thời gian dài dưỡng thương. Ở trận đấu với Bochum tại vòng 3 cúp QG Đức, tuyển thủ Hà Lan đã rất phẫn nộ khi các cầu thủ Bayern chạy lại chia vui với Ribery (người kiến tạo), trong khi chính Robben mới là người ghi bàn quyết định để đưa Bayern vào tứ kết.

Đó cũng là một rắc rối khác, khiến cho chiến quả của thày trò Heynckes tại lượt đi không thể xem là hoàn hảo như lời của chủ tịch Hoeness. Thậm chí, nếu không thể giải quyết ổn thỏa, Bayern hoàn toàn có thể phải đối mặt với một lượt về thảm họa…